初意欲避难浙东僻地，迎立决不敢当。”
当群臣行礼时，他“皆以手扶，待茶款语，极其宽和”
，并竭力推辞群臣劝进，说：“封疆大计，唯仗众先生主持。”
经过三推三让，朱由崧勉强接受劝进，于五月初一日从南京西南的三山门处离船登岸，在诸臣簇拥下先乘轿由南京城外直至孝陵门前，祭告明太祖，其后又特地祭拜懿文太子朱标。
随后，他从正阳门进入南京城，直至东华门入皇城，下马步行通过皇极殿，参拜奉先殿，之后走出西华门，离开皇城，进入行宫（内守备府），接受文武百官的觐见。
他传令大臣上殿共商战守之策，史可法上殿后说：“王当素服郊次，师讨罪，示天下以必报仇之义。”
朱由崧只说“是”
，但没有具体答复。
接着徐弘基及内守备等各有所奏，朱由崧仍是倾耳静听默不作声，于是宣布退朝，次日再次接见群臣。
当天，南京群臣决定朱由崧先以监国名义上台，然后登基，于是上第一道劝进表，朱由崧表示只同意监国，第二道劝进表上来时，朱由崧坚持只监国。
翌日，朱由崧行监国告天大礼，并宣布初六日为崇祯帝丧。
五月十一日，群臣上第三道劝进表，朱由崧正式接受，择日登基。
五月十五日，朱由崧即皇帝位于南京武英殿，改元弘光。
他在登极诏中痛斥“潢池盗弄”
，誓复仇，同时颁二十五款新政，包括减免钱粮，整顿漕粮，激励垦屯等项内容，不过只字未提当时已入据北京、真正能威胁南明的满清政权。
朱由崧求助于三镇军阀拥立，对以后的局势变化产生了重大影响。
最直接的作用即是使他自己得偿心愿，顺利地登上了至尊的宝座。
而间接影响，则是江北诸镇以“天子恩人”
，“从龙元勋”
自居，南京从皇帝到重臣再没有人可以控制这支飞扬跋扈的军队。
从此开了南明军阀勋镇势力尾大不掉的滥觞。
其实，高杰与黄得功、刘良佐等都是出自行伍的悍勇匹夫，其部下各怀心事，却不乏良将猛士。
倘若朱由崧稍有他祖上明太祖、明成祖的权谋阅历，只要驾驭得当，完全可以在仰仗三镇拥立之时，施加手段影响，使三镇为己所用。
可惜，朱由崧继承了乃父的心宽体胖，却没有继承乃祖的雄才武略。
求助于三镇而得帝位，已算得上是他的常挥，想做皇帝心切，一开始就高开了价钱，自贬了身价。
三镇也看清了朱由崧乃是阿斗，从此对他的权威再也不屑一顾。
朱由崧在执政期间，沉湎于酒色之中，掌握朝廷实权的马士英、阮大铖等人也是醉生梦死，利用手中的权力鬻官肥家。
阮大铖公然以行贿作为理财妙方，弘光朝廷刚刚建立便露出亡国之象的政以贿成，腐败已极，由此可见一斑。
顺治二年（弘光元年，1645年）三月初一，有自称崇祯太子朱慈烺者至南京，朱由崧命令将其关入兵马司监狱，后命百官审北来太子于午门外，终裁断为伪太子王之明。
宁南侯左良玉乃举兵于武昌，称奉太子密诏，以“救太子、诛士英”
为名顺流而下，进逼南京。
黄得功、阮大铖率兵御之，南明生内讧。
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